PHP5専用のO/RマッパーにPropelというものがあります。
PHPのフレームワーク「symfony」の標準のO/Rマッパーとして有名ですが、単体で使っている人はあまり見かけない気がします。
今回は単体で使う方法を軽く説明しようと思います。

１．インストール
PEARコマンドでインストールするのが簡単です。

# pear channel-discover pear.phpdb.org
# pear install phpdb/propel_generator
# pear install phpdb/propel_runtime

なお、phingが必要なので、入っていない場合は事前に

# pear install channel://pear.phing.info/phing

で入れておいてください。
ログを記録する場合はLogが必要なので、

# pear install Log

で入れておいてください。（今回は不要です）
執筆時点でのPropelの安定バージョンは1.2です。

２．テーブル定義
PropelではXMLでテーブル構造を定義します。これにより、リレーションを含めたPHPオブジェクトが全て自動で生成されます。
今回は仮にbookmarkという簡単なアプリケーションにします（実際にアプリケーションは作成しません）。bookmarkというフォルダを作り、以下のファイルを作成します。
schema.xml

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>

	
<database name="bookmark" defaultIdMethod="native">
	
 <table name="bookmark" description="bookmark">
  <column name="id" type="integer" primaryKey="true" autoIncrement="true" required="true" description="bookmark id"/>
  <column name="title" type="varchar" size="255" required="true" description="bookmark title"/>
  <column name="url" type="varchar" size="255" required="true" description="bookmark url"/>
 </table>
	
</database>

３．基本設定
ビルドに関する設定は以下のファイルで設定します。
build.properties

propel.project = bookmark
propel.database = mysql
propel.database.url = mysql://root@localhost/bookmark

また、これとは別に、実際のアプリケーションからの接続時の設定は以下のファイルを使用します。
runtime-conf.xml

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<config>
 <propel>
  <datasources default="bookmark">
   <datasource id="bookmark">
    <adapter>mysql</adapter>
    <connection>
     <phptype>mysql</phptype>
     <database>bookmark</database>
     <hostspec>localhost</hostspec>
     <username>root</username>
     <password></password>
    </connection>
   </datasource>
  </datasources>
 </propel>
</config>

このような仕様になっているのは、Propel自体がgeneratorとruntimeで分離しているからだと思われます。

ファイルを作成したら、mysqlでbookmarkという名前のデータベースを作成しておいてください。

４．オブジェクト作成

bookmarkフォルダで以下のコマンドを実行します。

% propel-gen .

するとbookmarkフォルダ以下に多数のファイルが生成されます。
実際にデータベースに投入するSQLファイルは、build/sql/schema.sqlになります。そのままmysqlに投げてもいいですが、

% propel-gen . insert-sql

でもデータベースに投入できます。（実際に行っていることは手動での挿入と同じだと思います）

propel-genの際に、

Execution of target "convert-props" failed for the following reason: /usr/share/pear/data/propel_generator/build-propel.xml:534:12: Cannot write parsed template: Unable to parse template ./templates/conf/Control.tpl: It is not safe to rely on the system's timezone settings. Please use the date.timezone setting, the TZ environment variable or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected 'Asia/Tokyo' for 'JST/9.0/no DST' instead
[phingcall] /usr/share/pear/data/propel_generator/build-propel.xml:534:12: Cannot write parsed template: Unable to parse template ./templates/conf/Control.tpl: It is not safe to rely on the system's timezone settings. Please use the date.timezone setting, the TZ environment variable or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected 'Asia/Tokyo' for 'JST/9.0/no DST' instead

のようなエラーが出た場合は、

% export TZ=Asia/Tokyo

としてください。

５．実際に使う

index.php

<?php

	
require_once('propel/Propel.php');
	
// $dir = dirname(__FILE__); // ルートフォルダであればこれでも取得できます
$dir = '/path/to/bookmark';
set_include_path($dir.'/build/classes' . PATH_SEPARATOR . get_include_path());
	
Propel::init($dir.'/build/conf/bookmark-conf.php');
	

これが初期化部分になります。$dirは適宜変更してください。

require_once('bookmark/Bookmark.php');

使用するテーブルに対応するファイルを読み込みます。

この後に実際のコードを記述していきます。

・データを追加/保存する

$bookmark = new Bookmark();
$bookmark->setUrl('http://ryus.co.jp/');
$bookmark->setTitle('XOOPS Webサイト/イントラサイト制作、XOOPS モジュール開発/カスタマイズを専門に行っています。 - XOOPS専門-株式会社RYUS');
$bookmark->save();

これでINSERTになります。DBから取得したデータであればUPDATEになります。両者を特に気にする必要はありません。

・データを読み込む

$bookmark = BookmarkPeer::retrieveByPk(1);
$url = $bookmark->getUrl();
$title = $bookmark->getTitle();
echo $url,$title,PHP_EOL;

読み込み系は"テーブル名Peer"クラスで行います。
retrieveByPkは、主キーからデータを取得します。
# 表示が化ける可能性があるので、適当な文字コードで表示してください。

・複数データ取得

$bookmarks = BookmarkPeer::doSelect(new Criteria());
foreach($bookmarks as $bookmark) {
  $url = $bookmark->getUrl();
  $title = $bookmark->getTitle();
  echo $url,$title,PHP_EOL;
}

doSelectは条件付きで複数レコード取得します。引数のCriteriaは条件を指定するクラスなのですが、今回は無指定なので単にnewしたものをそのまま渡しています。
条件を指定する例としては、

$c = new Criteria();
$c->add(BookmarkPeer::URL, 'http://ryus.co.jp/');
$bookmarks = BookmarkPeer::doSelect($c);

のような感じになります。Criteriaの条件設定は細かいところまで手が届くようになっています。

６．まとめ
詳しくは公式のドキュメントが充実しているので、そちらを参照してください。
次期バージョンであるPropel1.3（symfony1.1で載る予定）ではcreoleからPDOになり、更なる機能強化が期待できます。
PHPのO/Rマッパーは他にもS2Dao.PHP5やDoctrineなど多数あるので、好みのものを利用するのがいいと思います。