XOOPS CubeとNet Commonsは、どちらもXOOPS2から派生したCMSですが、それぞれ全く違うポリシーのもとに開発されています。

まず、XOOPS Cubeですが、こちらは「自分で自分好みに組みたてる」という使いた方が前提となっています。

XOOPS Cube Legacyのパッケージをダウンロードしても、掲示板も問い合わせフォームも、何もアプリケーションらしいものは何もついてきません。
自分で使いたい機能を持ったモジュールを探して、インストールして使います。
欲しい機能を持ったモジュールがなければ自分で作っちゃえ！作ったら公開して、みんなで使おうよ！という感じで、開発成果をオープンにする文化です。

一方Net Commonsは、「いろいろな機能がパッケージングされいて、完成品をそのまま使う」という使い方が前提になっているようです。
最初から、パッケージに掲示板やBLOGのモジュールがついていて、パッケージについているモジュールをそのまま使う。様々な機能をもったモジュールを最初から提供するので、その中から組み合わせてサイトを構築してくださいという感じです。
そのため、趣味でちょっとモジュールをつくってみようという開発者も今のところ居ないように思えます。

このような違いがあるので、趣味でいじってみるなら、断然XOOPS Cubeの方がおもしろいと、私は思っています。

では仕事で使うならどっちがいいのか？
まだまだXOOPS Cubeの方が良いと私は思います。
Net Commonsは、公開されている情報が少なすぎて、業務上カスタマイズが必要となっても、頼める業者を探すのにも苦労しますし、誰かにサポートを依頼しないと運用時に困ったときに自力で解決するのが非常に困難です。

一方XOOPS Cubeなら、公開されている情報が多いのため、困ったときに自力で解決できる可能性も比較的高く、情報がオープンになっているので、その情報を元にカスタマイズできるという技術者も多く存在します。

というわけで、現段階で私が感じているXOOPS CubeとNet Commonsの違いについてちょっと書かせていただきました。