XOOPS によるサイト構築の打ち合わせにいくと必ず質問にでるのが「XOOPS2 と XOOPS Cube2.1 のどちらを使ったら良いか？」という質問です。

結論から言ってしまえば、これからサイトを構築をされるなら XOOPS Cube2.1 がオススメです。

なぜなら、XOOPS Cube2.1 の方が、XOOPS2.0.x と比較して改造・開発がしやすいからです。

XOOPS Cube2.1 では、各機能のクラス分割が進み、その結びつきもデリゲート機構でゆるやか結びついています。
そのため、1 ファイル（preload ファイル）追加するだけで部分的に動作を切り替えたり、変更したい部分だけ元のクラスを継承して差分をオーバーライドする（差分ハック）というカスタマイズが可能です。

このカスタマイズ方法は後のバージョンアップ時の作業を楽にする効果もあります。
ほとんど XOOPS Cube 本体に手を加えないため、本体がバージョンアップするときに、自分でカスタマイズした部分とバージョンアップした部分のマージの手間がはぶけます。

XOOPS2.0.x では、様々な機能が集中したファイルが多く、またそれぞれの結びつき方も強いため、本体をカスタマイズしてしまうと、 CVS や subversion のようなバージョン管理システムの助け無しでバージョンアップ時のマージ作業を行うのは困難です。
# その結果、バージョンアップできなくなって、長期間穴のあるバージョンを使いつづけることになってしまったサイトが多数存在していると思います。

他にも、XOOPS Cube2.1 では、ロールの概念（addRole でロールの付与、isInRole でロールの確認）が追加されており、モジュールごとに独自のユーザ権限をもたせやすくなっています。

コード量が増えたり、デリゲート機構が入ったことで、ややコードを追いにくくはなってしまいましたが、それ以上のメリットがあると思っています。

上記のような理由から、RYUS では、新規 XOOPS サイトは全て XOOPS Cube2.1 で構築をしています。