最近やりはじめて、わりとうまく回り出している整理法があります。

それは、フォルダの分け方を、紙のドキュメント、パソコン内のファイル、システム手帳のリフィルもほぼ同じにして分けるというやり方です。

私は書類やメモの投げ込みようのフォルダとして、下記の物を用意してます。
これはシステム手帳側もほぼ同じ構成にしてます。

・REF 参考資料（長期にわたり参照する書類用）
・HOLD（しばらくの間だけ参照回数が増える書類用）
・Someday（時間ができたときにでも参照したい切り抜きなど）
・請求書
・受注前案件（中身は案件ごとにクリアフォルダで分類）
・各進行中の案件

これと同じように、マイドキュメントのdocsフォルダの下に
・REF 参考資料
　検索できるので、HOLDもここに
・Someday
・PRJ/ この下に案件ごとにフォルダを作成
　PC側は受注前と、進行中をわけていません。
というフォルダを作成してあります。

ちなみに、利用しなくなったファイルは、docs_archiveフォルダに移動させてます。

紙の方が細かく分類されているのは、次の2つの理由によります。
1．紙は検索ができないので、１フォルダに書類が増えすぎると探すのが大変
2．紙はかさばるので、１フォルダに詰めすぎるとフォルダ自体が壊れる(^^;

こんな感じでフォルダ分けのルールをPC、紙ともに同じにしたら、整理するときに「さて、どこにしまおうか。。」と悩むことが減りました。

分類ルールはシンプルな方が、整理するときに悩まなくていいですね。