satoです。

subversionの.svn内のファイルは、バージョン毎の互換性が低いです。最新のsubversionでcheckoutしたものを古いバージョンのもので操作しようとすると、操作できないことがよくあります。マイナーバージョンの変化時によく起こります。

私はVMのUbuntuをsambaで接続して、WindowsからTortoiseSVNで操作する時と、Ubuntu上からsvnコマンドで操作することの両方を行うことが多いのですが、ここでTortoiseSVNをうっかり最新の1.6系にしてしまうと、Ubuntu(jaunty)のパッケージは1.4系なので、Ubuntu上での操作ができなくなります。

ここでUbuntu側のsubversionを最新にする必要がありますが、ソースからインストールは避けたいところです。
どこかのリポジトリからaptでインストールするのが綺麗です。

リポジトリを探してみたところ、launchpadに、1.6のUbuntu用パッケージがありました。
「Install packages:」のところの、「Display sources.list entries for:」から、自分のUbuntuのバージョンを選択し、その下の
と書いてある行を、/etc/apt/sources.listにコピペして、aptitude install subversionをすると、最新のsubversionがインストールできます。

launchpadは、sourceforge等のような、オープンソースプロジェクト管理向けサービスで、Ubuntu自体もlaunchpadで管理されています。
また、launchpadにはPPA（Personal Package Archive）という機能があり、上記のsubversionのように独自で作ったパッケージを簡単に配布できるようになっています。
subversionの他にも、OpenOffice.orgや、Firefoxなどの最新のものとかが、探せば出てきます。
ただし、多くのものは公式のパッケージではないことに注意してください。